--skip-broken. Con ello no resolverá los problemas de dependencias, pero al menos tendrá el sistema lo más actualizado posible hasta que se logre conseguir la solución.
$ su -c "yum udpate --skip-broken"
...
tracker x86_64 0.12.3-2.fc16 updates-testing 1.2 M
verne-backgrounds-kde noarch 15.92.1-1.fc16 fedora 7.2 k
verne-kde-theme noarch 15.91.0-1.fc16 fedora 1.6 M
wine-alsa x86_64 1.3.29-1.fc16 updates-testing 118 k
yajl i686 1.0.12-1.fc16 fedora 30 k
Ignorando (problemas de dependencias):
gmyth x86_64 0.7.1-16.fc16 fedora 76 k
grub2 x86_64 1:1.99-6.fc16 fedora 1.2 M
libmatroska x86_64 1.2.0-1.fc16 fedora 133 k
libupnp x86_64 1.6.13-2.fc16 fedora 87 k
Resumen de la transacción
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Instalar 87 Packages
Upgrade 1245 Packages
Tamaño total: 1.6 G
Está de acuerdo [s/N]: