Puede darse el caso que la base de datos RPM se corrompa por distintos motivos. Si es así, puede reconstruir toda su base de datos con tener exclusivamente /var/lib/rpm/Packages en buen estado, el resto de archivos se regeneran a partir de él, haga un respaldo por favor de forma rutinaria.

Luego para restaurar la base de datos RPM a partir del archivo Packages:

$ su -
# cd /var/lib/rpm
# rm __db.00*
# cp /root/Pacakges.bu Packages
# rpm --rebuilddb