El panel de preferencias presenta opciones de ajuste de parámetros que determinan la operación de Apper. Está compuesto de dos pestañas: Preferencias generales y Fuentes de software.

Dentro de la pestaña Preferencias generales se puede configurar la comprobación de las actualizaciones de una determinada distribución así como la periodicidad de estas comprobaciones. Similarmente, es posible activar las casillas de verificación para comprobar las actualizaciones cuando se disponga de una conexíon de red o de acuerdo al funcionamiento con baterías del computador.

Dentro de la pestaña Fuentes de software se puede seleccionar el origen de los paquetes de software, así como el origen de los paquetes de depuración y desarrollo, en caso se active la casilla de verificación inferior.

En particular en esta última sección podrá habilitar y deshabilitar los repositorios de software que desee con un solo clic.